Nicodemus, een mens uit de Farizeeën, lid van de Joodse Hoge Raad (Sanhedrin), ziet Jezus als een door God gezonden leraar / profeet die bijzondere tekenen doet. De Farizeeën (‘afgezonderden’) staan in Jezus’ tijd bekend om hun zeer strikte interpretatie en naleving van de wet van Mozes. Nicodemus begint met: ‘Wij weten…’ Hij ‘gelooft’ in Jezus vanwege het zien van de tekenen (Johannes 2 vers 23). Hij meent het Koninkrijk van God te zien. Het is echter een geloof zonder diepte en duurzaamheid, zoals blijkt uit het vervolg. Jezus antwoord geeft aan dat het ware zien van het Koninkrijk van God alleen mogelijk is als een mens ‘opnieuw geboren’ is. Vervolgens legt Hij uit wat deze nieuwe geboorte inhoudt.
De woorden van Jezus roepen bij Nicodemus alleen vragen op: ’Hoe kan…? Hoe kunnen…?’ Hieruit blijkt zijn onwetendheid. Uit het Oude Testament had hij kunnen weten wat Jezus bedoelt. In bijvoorbeeld Ezechiël 36 vers 25 tot 27 staat: ‘Ik zal rein water op u sprenkelen en u zult rein worden. Van al uw onreinheden en van al uw stinkgoden zal Ik u reinigen. Dan zal Ik u een nieuw hart geven en een nieuwe geest in uw binnenste geven. Ik zal het hart van steen uit uw lichaam wegnemen en u een hart van vlees geven. Ik zal Mijn Geest in uw binnenste geven. Ik zal maken dat u in Mijn verordeningen wandelt en dat u Mijn bepalingen in acht neemt en ze houdt.’
Jezus stelt dan ook een confronterende vraag: ‘Bent u de leraar van Israël, en weet u deze dingen niet?’
Evenals Nicodemus gebruikt Hij de woorden ‘Wij weten...’. Hij doelt daarmee op Zijn hemelse afkomst, en dat Hij namens God de Vader spreekt. Jezus is de ware Leraar van Israël.
Dan spreekt Hij over het doel van Zijn missie: De Zoon des Mensen (vergelijk Daniel 7 vers 13 en 14) moet verhoogd worden zoals Mozes de koperen slang in de woestijn omhooghield (Numeri 21 vers 9). Het verhoogd worden verwijst naar Zijn kruisiging.
Jezus beantwoordt de vraag van Nicodemus – Hoe wordt een mens wedergeboren? – als volgt: ‘Ieder die in de Zoon des Mensen (Jezus) gelooft, heeft eeuwig leven’.
Johannes 3 vers 16: ‘Want zo lief heeft God de wereld gehad, dat Hij Zijn eniggeboren Zoon gegeven heeft, opdat ieder die in Hem gelooft, niet verloren gaat, maar eeuwig leven heeft’.
De opdracht voor de mens is niet: wordt wedergeboren, maar: geloof in Gods Zoon, Jezus. Zodra iemand gelooft, mag hij/zij concluderen opnieuw te zijn geboren, door de Heilige Geest. ‘…want de Zoon des mensen is niet gekomen om zielen van mensen te gronde te richten, maar om ze te behouden’ (Lukas 9 vers 56).
Wie niet in Jezus gelooft, is om die reden al veroordeeld (Johannes 3 vers 18). De reden van het ongeloof is dat zo iemand van nature de duisternis liever heeft dan het licht. Hij komt niet tot het Licht, tot Jezus, zodat zijn ‘boze werken’ niet ontmaskerd worden.
In hoofdstuk 3 vers 36 concludeert Johannes: ‘Wie in de Zoon gelooft, heeft eeuwig leven, maar wie de Zoon ongehoorzaam is, zal het leven niet zien, maar de toorn van God blijft op hem’.
In Johannes 7 vers 50 en 51 maakt Nicodemus bezwaar tegen het onverhoord veroordelen van Jezus. En nadat Jezus is ‘verhoogd’ aan het kruis, komt Nicodemus om Hem te eren: 'En Nicodemus (die eerst 's nachts naar Jezus toe gekomen was) kwam ook en bracht een mengsel van mirre en aloë mee, ongeveer honderd pond.’ (Johannes 19 vers 39).